选用的苗木应当：①品种纯正，适合当地的自然环境条件；②芽大、枝粗、皮光亮，根系发达，有较多的侧根和须根，分布均匀，根系不失水或少失水；③在整形带范围内，有6个以上充实饱满的叶芽；④嫁接口处愈合牢固；⑤砧穗亲和性好，无“小脚”现象；⑥无病虫害，无机械损伤；⑦枝条表皮光滑、茸毛少、不带秋梢、成熟度好；⑧枝条充分成熟，树皮新鲜、失水少、无皱皮；⑨嫁接苗的砧木种类正确适宜，质量达到国家苗木标准的1~2级要求。
大苗是指在苗圃地连续培育2~4年，并按一定树形要求进行定干、整形的苗木。苹果3年生大苗基部干径应达到10~13毫米，有6~9个侧枝，第一侧枝距地面不少于70厘米；如果选用2年生苗木建园，要求苗高1.5米以上，干粗不低于10毫米，栽后在饱满芽处定干。栽大苗幼树生长快，成型早，果园整齐，便于管理；大苗树体完整，便于早结果、早丰产。
2.选用无(脱)毒苗
病毒会破坏植物正常的生理机能，使果树生长衰弱，产量减少，品质下降，严重时导致树体死亡，而果树一旦被病毒感染，则终生带毒，持久为害，还会通过嫁接、修剪及昆虫传播。目前，还没有特效药剂和方法杀死病毒，选择无病毒(脱毒)苗木是当前控制果树病毒病的主要途径。无病毒(脱毒)苗木生长发育快，生长整齐旺盛，苗木健壮，根系发达，叶多、叶大、叶厚，苗粗、苗壮、枝条多，成活率高；由无病毒(脱毒)苗长成的植株树势强健，叶片光合作用强，枝量增加快，枝类转化迅速，结果早，产量高，果实大，果面光洁度好，果实品质明显提高。无病毒果树需肥量少，抗逆性强，病虫害少，农药使用量少，因而果实有毒有害物质残留少。目前我国引进和培育的无(脱)病毒苹果品种已经比较多，如‘藤牧1号’‘美国8号’ ‘格劳斯特’ ‘2001富士’‘皇家嘎拉’。
3.严格苗木检疫和消毒
通过苗木检疫和消毒，可以将病虫害拒绝于果园之外。检疫主要针对那些有严重危害、可随植物或其他应检物调运而传播的有害生物，被列入检疫对象的苹果病虫害主要有：苹果绵蚜、苹果小吉丁虫、苹果蠹蛾、美国白蛾、苹果蝇、苹果花叶病、苹果锈果病、苹果黑星病等。苗木检疫要由经国家指定的机关或专业人员进行，用于苹果安全生产的苗木必须具有合法的检疫证。
苗木消毒可以用3~5波美度石硫合剂或等量式100倍波尔多液啖洒或浸苗10~20分钟进行杀菌，之后用清水清洗根部。对于虫害可进行室内熏蒸，即：将苗木放置在密闭的容器中，按30克氯胶钾、45克硫黄、90毫升水配方，先将硫黄倒入水中，然后加入氯酸钾，熏蒸1天。